Depuis sa création en 1991, le Frac Centre oriente sa collection sur le rapport entre art et architecture. Il se tourne alors vers l’acquisition de projets d’architecture expérimentaux et prospectifs des années 1950 à aujourd’hui. Cette collection comprend aujourd’hui quelque 300 œuvres d'artistes, 800 maquettes d’architecture et 14 000 dessins dont de nombreux fonds d’architectes.
Le musée réunit des projets emblématiques de l'architecture internationale des cinquante dernières années et des fonds d'architectes. Ces oeuvres sont présentées lors de programmes d'expositions thématiques. Ce programme met en lien ses expositions avec d’autres disciplines artistiques (théâtre, musique, cinéma...).